Nach dem Ende des Zweiten Weltkriegs liegt Japan am Boden – durch die Niederlage gegen die Streitkräfte der Alliierten, aber auch durch den enormen Kraftaufwand, den der Kampf gegen Godzilla in den letzten Kriegstagen noch bedeutet hat. Selbst zwei Jahre später scheint noch kein Licht am Ende des Tunnels erkennbar zu sein. Zwar haben sich mittlerweile Strukturen herausgebildet, um der potenziellen Rückkehr Godzillas etwas entgegensetzen zu können, aber gegen die neu aufgetauchte Riesenkreatur, die „Ghidorah“ getauft wird, scheint niemand etwas ausrichten zu können. Und dann regt sich etwas am Grund des Ozeans: Godzilla regeneriert sich und steigt aus den Tiefen empor – und zwar größer und aggressiver als zuvor. Die Japaner fassen daraufhin einen wahnwitzigen Plan und versuchen, Feuer mit Feuer zu bekämpfen, indem sie Godzilla auf Ghidorah losgehen lassen wollen. Das sorgt nicht nur erneut für weitreichende Zerstörung und Verwüstung, sondern zieht auch die vom Krieg traumatisierte Generation zurück in den Abgrund...